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RNA提取準備工作及注意事項有什么?

 更新時間:2023-11-01    點擊量:801

你知道RNA提取準備工作及注意事項都有什么嗎?讓我們一起來看看吧!

一、槍頭和EP管等的消毒滅菌

1. 用去離子水配制0.1%(千分之一)的DEPC(劇毒物),須在通風櫥中小心使用,避光密閉4℃保存;

DEPC水是用DEPC處理過并經(jīng)高溫高壓消毒的純水。經(jīng)檢測不含RNase、DNase和proteinase。

2. 將槍頭和EP管放入0.1%的DEPC內(nèi),保證槍頭和EP管內(nèi)都充滿0.1%的DEP。

3. 避光、靜置、過夜(12-24h)

4. 裝槍頭和EP管的盒子不需要用DEPC浸泡,將槍頭或者EP管內(nèi)的DEPC水大致去除干后,裝起,包好

5. 121攝氏度,30min

6. 180攝氏度,干燥數(shù)個鐘頭(至少3小時以上)

注意:a、處理DEPC時需要戴乳膠手套、口罩!b、或者不用DEPC消毒,130℃,90min高壓滅菌(許多實驗室高溫滅菌兩次)

RNA提取注意事項

二、組織 RNA 抽提失敗的現(xiàn)象

RNA降解和組織內(nèi)雜質(zhì)的殘留,關于降解問題,首先看一下為什么從培養(yǎng)細胞中抽提RNA不容易降解。現(xiàn)有的RNA抽提試劑,都含有快速抑制Rnase的成分。在培養(yǎng)細胞中加入裂解液,簡單的混勻,即可使所有的細胞與裂解液充分混勻,細胞被徹di裂解。細胞被裂解后,裂解液中的有效成分立即抑制住細胞內(nèi)的Rnase,所以RNA得以保持完整。也就是說,培養(yǎng)細胞由于很容易迅速與裂解液充分接觸,所以其RNA不容易被降解;反過來講,組織中的RNA之所以容易被降解,是因為組織中的細胞不容易迅速與裂解液充分接觸所致。因此,假定有一種辦法,在抑制RNA活性的同時能使組織變成單個細胞,降解問題也就可以徹di解決了。

液氮碾磨就是zui有效的這樣一種辦法。但是,液氮碾磨方法非常麻煩,如果碰到樣品數(shù)比較多的時候更加會有此感覺。這樣就產(chǎn)生了退而求其次的方法:勻漿器。勻漿器方法沒有考慮細胞與裂解液接觸前如何抑制Rnase活性這個問題,而是祈禱破碎組織的速度比細胞內(nèi)的Rnase降解RN 的速度快

電動勻漿器效果較好,玻璃勻漿器效果較差,但總的來說,勻漿器方法是不能杜絕降解現(xiàn)象的。因此,如果抽提出現(xiàn)降解,原來用電動勻漿器的,改用液氮碾磨;原來用玻璃勻漿器的,改用電動勻漿器或者直接用液氮碾磨,問題幾乎 100% 能獲得解決。

三、樣品的收集/保存

影響降解的因素樣品離開活體/或者原來的生長環(huán)境后,樣品中的內(nèi)源酶即會開始降解 RNA,降解速度與內(nèi)源酶含量及溫度有關。傳統(tǒng)上,只有兩個辦法可以徹di抑制內(nèi)源酶活性:立即加入裂解液并且徹di而迅速地勻漿;切成小塊后立即投入液氮冷凍。這兩個辦法都要求操作快速。后者適合所有的樣品,而前者只適合細胞及內(nèi)源酶含量較低的并且較容易勻漿的組織。具體地講,植物組織,肝臟,胸腺,胰腺,脾臟,腦,脂肪,肌肉組織等最好都先用液氮冷凍起來,再往下做。

四、裂解液的選擇

影響操作方便程度,內(nèi)源雜質(zhì)殘留的因素常用的裂解液幾乎都能抑制Rnase活性,因此,選擇裂解液的重點是要結(jié)合純化方法一起考慮。只有一個例外:高內(nèi)源酶含量的樣品建議使用含苯酚的裂解液,以增加滅活內(nèi)源酶的能力。

五、純化方法的選擇

影響內(nèi)源雜質(zhì)殘留,抽提速度的因素對于干凈的樣品,如細胞,手邊的幾乎任何純化方法都可以獲得滿意的結(jié)果。但對于許多其它樣品,尤其是植物,肝臟,細菌等雜質(zhì)含量很高的樣品,選擇合適的純化方法是至關重要的。柱離心式純化方法抽提速度快,能有效去除影響RNA后續(xù)酶反應的雜質(zhì),但價格較貴;使用經(jīng)濟而經(jīng)典的純化方法,如LiCl沉淀等,也可以獲得滿意的結(jié)果,但操作時間長。

六、RNase污染的來源

1. 手指,手指頭是外源酶的第一來源,所以必需戴手套并且頻繁更換。另外,口罩也必需戴,因為呼吸也是一個重要的酶來源。戴手套口罩的另外的好處是保護實驗人員。

2. 槍頭,離心管,移液器 – 單純的滅菌是不能滅活Rnase的,所以槍頭和離心管要用DEPC處理,即使是標明為DEPC處理過的。移液器最好是專用的,用前用75%的酒精棉球搽拭干凈,尤其是桿子;另外,一定不要使用褪頭器。

3. 水/緩沖液一定要確保無Rnase污染。

4. 實驗臺面最起碼要用75%的酒精棉球搽拭干凈。

5. 內(nèi)源Rnase所有組織均含內(nèi)源酶,故組織用液氮速凍是降低降解的最好辦法。液氮保存/碾磨方法的確不方便,但對有一些內(nèi)源酶含量很高的組織,卻是唯yi的辦法。

6. RNA樣品RNA抽提產(chǎn)物可能都會含痕量的Rnase污染。

7. 質(zhì)粒抽提質(zhì)粒抽提往往用到Rnase降解RNA,殘留的Rnase要用 Proteinase K消化,PCI 抽提。

8. RNA保存即使低溫保存,痕量的Rnase亦會導致RNA降解。長期保存RNA 的最好辦法是鹽/醇懸液,因為醇在低溫時抑制所有的酶活性。

9. 陽離子(Ca、Mg)在含這些離子時,80C加熱5分鐘會導致RNA被剪切,故如果RNA需要被加熱,保存液需要含螯合劑(1mM Sodium Citrate, pH 6.4)。

10. 后續(xù)實驗所用的酶酶均有可能被Rnase污染。

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